独山子区环境保护局（简称区环境保护局），为区人民政府工作部门。其主要职责如下：
（一）执行国家、自治区环境保护的法律、法规、方针、政策，落实市环境保护管理办法；协同有关部门拟订与环境保护相关的经济、技术、资源配置和产业政策，并贯彻执行。
（二）组织编制区环境保护规划和计划，参与拟订区经济和社会发展中、长期规划、年度计划、国土开发整治规划、区域经济开发规划、产业发展规划以及资源节约和综合利用规划；组织编制全区环境功能区划、生态保护规划；负责审核城市建设总体规划、开发区、城区改造方案中有关环境保护内容。
（三）负责监督实施国家、自治区环境质量标准、污染物排放标准及相关技术规范。
（四）监督管理辖区内大气、水体、土壤、固体废物、有毒化学品、机动车的污染防治；监督管理国家禁止（或严格限制）建设的重污染项目名录和有毒化学品优先控制名录；负责全区化学品环境管理工作；对重大环境污染事故和生态破坏事件进行调查处理，协调处理环境污染纠纷。
（五）组织生态环境功能区的申报工作；监督检查辖区内自然保护区、生物多样性、野生动植物及珍稀濒危物种等自然环境保护工作；监督检查辖区内对环境有影响的资源开发利用活动。
（六）负责辖区内排污申报登记与排污许可证、排污收费、环境影响评价、“三同时”、限期治理、污染集中控制等环境管理制度的实施；按权限审批或审核建设项目环境影响评价文件；按权限征收使用管理排污费；按权限负责建设项目竣工环境保护验收工作。
（七）配合上级部门开展辐射环境、放射性废物的管理和污染防治工作。
（八）组织编制环境保护科技发展规划，并监督实施；组织申报国家和地方环境保护课题，负责环境科技成果和环境保护新技术、新工艺的引进和推广工作；指导和推动环境保护产业发展；推动全区积极开展争创环境友好型社会和争创环境友好型企业工作；指导企业促进清洁生产工作；指导企业开展环境管理体系认证工作。
（九）负责组织、创建自治区生态文明示范区工作。
（十）负责管理环境监测工作，组织建设和管理区级环境监测网和全区环境信息网；定期发布环境质量状况公报。
（十一）负责组织、指导和协调环境保护宣传教育工作，负责环境统计、环境信息工作。
（十二）负责环境保护目标责任制组织实施、考核工作。
（十三）承办区人民政府和上级部门交办的其他事项。
